Институт Союзводоканалпроект кроме Центрального производства, расположенного в Москве, имеет отделения в разных городах, а также, как отмечалось, институты Водоканалпроект в Ленинграде, Киеве, Свердловске, Харькове, Ростове и других городах. Возглавляет его директор, который через своего заместителя и отделы управляет административно-хозяйственной деятельностью института, а через главного инженера, его заместителей, технический и некоторые другие отделы — работой основных проектных подразделений (отделов). В состав института входят отделы генсхем, технологические, строительные, гидротехнические, отопления и вентиляции, сметный и ПОС, генплана и железобетонных труб, оборудования, электротехнический и контрольно-измерительных приборов (КИП), инженерных изысканий. Все отделы ведут как индивидуальное, так и типовое проектирование. Ведущими среди них являются технологические и гидротехнические, где и сосредоточено наибольшее число главных инженеров проектов (ГИПов). Отделы состоят из трех — шести бригад инженеров и техников-проектировщиков и возглавляются начальником отдела, который через «своего заместителя и одного-двух главных специалистов руководит его работой. ГИПы технологических и гидротехнических отделов заключают договоры, ведут переговоры с заказчиком, готовят задание институту от заказчика, разрабатывают схему технологического процесса и на ее основе выдают задания смежным отделам на отдельные части проекта.
Работа всех проектных отделов организуется так называемыми «увязочными графиками», которые составляются на каждый объект. В этих графиках устанавливаются основные сроки по важнейшим этапам проектирования: выдачи задания технологическим отделом смежным отделам; выдачи отделами отопления и вентиляции электротехнических заявок на необходимые площади вентиляционных камер, электротехнических помещений и т. п.; выдачи заявок отделом оборудования на установку кранов с определением высот помещений и т. д. На основании заявок на площади строительный отдел составляет промежуточный чертеж, которым увязываются все части проекта, определяется планировка и компоновка здания (сооружения). Промежуточный чертеж согласовывается со всеми отделами, после чего он служит основой для дальнейшей работы над проектом. Задания, которые выдают технологи, и промежуточные чертежи по индивидуальным проектам крупных и сложных зданий и сооружений, всех объектов со взрывоопасной средой и в особых условиях рассматриваются в техотделе и подписываются главными специалистами.