Мозаики и фрески иногда сочетались в одном здании: мозаики в главных частях, фрески — в периферийных. Например, в кафоликоне Осиос Лукас наос и нартекс украшены мозаикой, а приделы и крипта — фреской.32 Стилистически те и другие похожи, и, учитывая большое техническое сходство обоих способов, могли быть исполнены одними и теми же художниками. В Хоре наос и нартекс покрыты мозаикой, а параэкклесион с малыми помещениями — фреской.33 Отчетливое сходство стиля и даже небольшие взаимные наложения на пересечении экзонартекса с парэкклесионом указывают, что на обоих участках работали те же мастера.34
В случаях сочетания мозаики с облицовкой есть существенные исключения. В церкви Одигитрии монастыря Вронтохион в Мистре стены были облицованы мрамором, но верхние части стен и своды покрывала фреска.35 Это можно объяснить недостатком на Пелопоннессе нужных материалов или обученных мастеров: очевидна редкость мозаики вне столицы в поздневизантийский период. Более интересной, но трудно объяснимой выглядит ситуация в почти одновременной церкви св. Апостолов в Фессалониках, где своды и верх стен покрыты мозаикой, а стены ниже карнизов расписаны фреской. Ксингопулос предположил, что это свидетельство изменения программы внутренней декорации. Изначально, как он думает, низ стен планировали облицевать мрамором, но это оказалось слишком дорого, и в результате обратились к фреске.36
Сейчас ученые подчеркивают стилистическое сходство мозаики и фрески, а также их иконографическое единство.37 Тем не менее, если исходить из обычной практики, облицовку в сочетании с мозаикой следует признать более логичной, чем в сочетании с фреской.